La microcuenca San Pedro es inadecuada para el consumo domestico debido al mal uso del suelo, contaminación, vertederos y aguas residuales El caudal de la microcuenca ha disminuido cada día gracias a la tala y quema indiscriminada de bosques ya que el hombre ha intervenido en esto para usos de producción agrícola y ganadería, alterando así la biodiversidad de esta microcuenca y poniendo el peligro de extinción algunas especies.
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